级军官的选拔、任免、轮换，部长刘锡；
参谋部负责战略战术的制订和落实，部长李孝忠；
后勤部负责粮草辎重的筹集和运输，部长常同；
装备部负责武器装备的研发、制造和维护，部长胡奎；
情报部负责建设发展间谍网，收集、分析各类情报信息，部长段景住；
执法部负责监督、处理各级军政人员的违法犯罪行为，下辖宪兵部队，部长刘镇。
当然，还有经过多年的训练发展，数量庞大、组织严密、已经无处不在的影卫作为最核心的隐秘组织，负责元帅府的保卫、对各部门官员的监控、情报收集和各种隐秘行动的执行。
同时，根据职务和战功分别设立了军职制和军衔制。
军职指的就是司令、军长、师长等各级部队的军事指挥员，由军令部考察、任免、撤换。
军衔则主要是根据积累的军功进行提升。刘錡自任元帅，之下依次为上将、中将、少将、上校、中校、少校、上尉、中尉、少尉九级。士兵分为上、中、下士和上等兵和列兵、普兵六级。
正常情况下，每位士兵须服满兵役三年，如无军功，第一年为普兵、第二年为列兵、第三年为上等兵。
如立有军功，可按军功大小，或者军功累积，升为士官或者以上高级军职。
士官服役期满，可按期退役，也可申请转为志愿兵，审核批准后，志愿兵每满三年可申请一次退役。
士官以下，禁止家眷随军。尉官以上为正式军官，不受兵役年限约束，可分配住房，家眷可申请随军，在军营内的军属区生活。
这次军改，刘錡在人员安排上费尽心机，也深感人手不足，下一步计划进行的政改估计难度更大，缺口更多。因此，刘錡下定决心建立了两所高级学校，一所叫武备学堂，一所叫政经学堂。
武备学堂一方面在全军招生，由各部推选优秀将士入校学习，另一方面，凡有志于军旅的读书人均可报名，经考核后入学，毕业后直接尉官起步，分配到各部担任基层军官，刘錡亲任校长。
政经学堂招收的全部有志于仕途的读书人，由刘韐担任校长，招聘已经退休的能员干吏做教员，教授各类政务。