决策时，在勤奉行就要向幕府汇报，等待老中的裁决。幕府则是通过长崎的在府奉行给予答复，传递指示。
这时长崎的在府奉行是田付景厖，在勤奉行是松波正房。两个人每年九月交代，也就是轮岗的意思。
鉴于长崎位置的重要性，承应二年（1653年），平户藩主松浦镇信奉命在女神、荫尾、神崎、白崎、高鉾、长刀岸和大多越这七处修建了炮台。
宽永十八年（1641年），幕府命令福冈黑田家在长崎港入口处的户町和对岸的西泊两处修建番所，并驻兵守备。
次年，命佐贺锅岛家前来交代，之后就成为定例，两藩一年一交代，轮流出兵在长崎驻防。
这两处番所额定驻兵一千人左右，因此又名“千人番所”。
因为其地远离江户，作为中央政府的代表，幕府赋予了长崎奉行很大的权力。
根据实际需要，在处理贸易、宗教或是行政等事务时，长崎奉行的职权范围可以遍及整个九州岛。
根据正德新例的规定，正德五年（1715年）幕府在长崎设立目付役所，派出目付常驻。
德川幕府时期的目付这一官职主要的职责是监视家臣的行动，长崎目付自然是幕府派来监视长崎奉行的。
此外，他还协助在勤奉行处理事务，与其一起维护长崎的治安，在紧急情况下一起联名请求邻近的各藩出兵防卫。
当松波正房接到报告，用最快的速度赶到港口的时候，长畸目付北原修一和户町番的番头，侍大将佐藤苍介已经面色苍白，手足无措的在等着他了。
“是什么情况？我们近海处发现了清国的战船吗？”他喘着粗气，迫不及待的问道。
“是的，奉行大人。”佐藤苍介答道：“两个炮台上警戒的兵士发现了一个清国的战舰编队，好像正在向港口这里驶来！”
“入侵！这是赤祼祼的入侵！”松波正房气急败坏的道：“既然炮台已经发现了他们，为什么不开炮？”
“炮台的职责是什么？即使不发动攻击，至少也要吓阻他们一下，不是吗？！”
“这……”佐藤苍介支吾着正要答话，一直用望远镜向远处的海面上张望的北原修一突然叫道：“看！快看！他