但那个时候，人类的文明已经摇摇欲坠了。
星历2080年莫名其妙的核战争，让人类社会体系直接崩溃，生态环境遭受巨大破坏，生物发生恐怖变异，人类文明濒临崩溃边缘。
星历2081年，名为“造梦者（drears）”的公司宣称为了让世界重建，研制出超级人工智能计算机“诺亚”。在“诺亚”的协助下，人类重建家园。
本以为人类会在诺亚的帮助下欣欣向荣，然而人类的厄运才刚刚开始。
星历2081年，年末，流星雨划破充满硝烟的天空，数不清的小陨石撞击地球表面，把地球砸的坑坑洼洼。
星历2083年，“诺亚”的防御系统遭遇不明生物入侵，刚刚建立起的幸存者城市岌岌可危。
而从陨石中得到的特殊宝石，让少女们可以持有宝石提供的强大武器，防御变异生物的攻击。
一个月后，“诺亚”宣布系统恢复正常，危机解除。然而，“造梦者”公司人员暴毙，原因不明。
“诺亚”继续运作，变异生物变得狂躁，攻击人类。
为保护地球，“诺亚”发动叛变，人类在智能机器面前毫无还手之力。
一面倒的战役结束后，人类被打的支离破碎，这场战役也被称为“大破坏”，后人对人类曾经的文明与科技几乎一无所知。
而在这个时候，黑暗不知道从哪里开始蔓延，仿佛是在保护仅剩的人类不被“诺亚”的杀人机器继续屠杀。
直至最后，除了被能源核心照亮的城市外，全都被黑暗笼罩，触碰接触黑暗的人，都踏入了黑暗之中。
剩余者聚集在城市中，黑暗仿佛给残余的人类制造了一个游戏。
一个只有“持有特殊宝石的少女”才能参加的游戏。所有人都称这个游戏叫做“暗黑地牢”。
持有特殊宝石的少女击败黑暗中的怪物，不但能获得资源，还能一定程度的驱散黑暗。
这给残余的人类带了些许希望，人类积极的组织持有特殊宝石的少女攻略暗黑地牢。
星历2087年，“魔法少女”组织建立，持有特殊宝石的少女被称为魔法少女，通过攻略“地牢”来获得资源。
星历208