恢复身体的工藤新一和宫野志保，决定以全新的身份更深入地对抗黑暗势力。他们商议后，认为加入警视厅重案三组是个绝佳的途径，既能借助警方资源调查黑衣组织，又能打击各类犯罪，维护社会正义。
两人来到警视厅，径直找到了目暮警官。目暮警官看到高大帅气的工藤新一和冷艳聪慧的宫野志保站在面前，惊讶得合不拢嘴。
“你们……你们怎么……”目暮警官结结巴巴地说。
工藤新一笑着解释道：“目暮警官，说来话长，总之我们现在恢复正常了，而且希望能加入警视厅，特别是重案三组，为打击犯罪出一份力。”
宫野志保也点头补充：“我和新一在很多案件中积累了丰富的经验，相信能为重案三组带来帮助。”
目暮警官思索片刻，深知两人的能力，很快便答应了他们的请求，并亲自带他们来到重案三组的办公室。
“各位，给大家介绍两位新同事，工藤新一和宫野志保，以后他们就和我们一起并肩作战了。”目暮警官说道。
重案三组的成员们纷纷投来好奇和欢迎的目光。一位年轻的警员走上前，热情地说：“欢迎啊，早就听闻工藤新一的大名，以后还请多多指教。”
工藤新一连忙摆手：“指教不敢当，大家一起学习，共同进步。”
宫野志保则微微点头示意，她敏锐的目光扫视着办公室，似乎在熟悉这里的环境。
很快，他们就迎来了加入重案三组后的第一起案件。在米花市中心的一家高级酒店，发生了一起离奇的谋杀案。死者是一位知名企业的高管，死在自己的房间里，现场没有明显的打斗痕迹，但财物却没有丢失。
工藤新一和宫野志保跟着重案三组迅速赶到现场。新一立即开始仔细勘查，他蹲下身子，查看死者周围的蛛丝马迹，发现死者的手指似乎在临死前写下了什么，可惜被凶手涂抹得看不清了。
宫野志保则在一旁检查死者的随身物品，她在死者的手机里发现了一些加密的信息，似乎和案件有着重要的关联。
“看这这个案件不简单，凶手很谨慎，没有留下太多明显的线索。”工藤新一说道。
宫野志保点头表示同意：“手机里的加密信息或许