忍界的重建工作在满目疮痍中艰难推进，破碎的村落废墟上，忍者们用查克拉筑起临时结界，符文灯塔的残骸仍在散发微弱的紫光。鹿丸的全息投影在岩壁上不断闪烁，新的星图被红色警示线割裂成无数碎片：“检测到宇宙边界的因果线正以斐波那契数列的规律汇聚，根据推算，三十个维度周期后将形成新的威胁实体。”他的声音被突然响起的警报声打断，监测屏上的暗物质指数突破临界值，化作狰狞的血色漩涡。
纲手在医疗部地下实验室中，将显微镜对准自己手臂的组织切片。翡翠色查克拉与银色齿轮纹路在载玻片上激烈交锋，每一个细胞都在经历维度规则的撕扯。“必须找到彻底清除暗物质感染的方法。”她将实验数据同步到五大国医疗网络，指尖的查克拉手术刀精准切除异化细胞，却见伤口处渗出的血液在空气中凝结成微型齿轮。
鸣人在木叶村的训练场反复锤炼九尾模式，金色查克拉与暗紫色纹路在他周身剧烈碰撞。尾兽的意识传来沉重的警告：“那股力量超越了维度法则的范畴，我们面对的不仅是敌人，更是整个因果律的扭曲。”当他全力释放尾兽玉时，冲击波竟在虚空中撕开一道裂缝，裂缝深处传来齿轮转动的轰鸣，以及无数文明的绝望哀鸣。
佐助独自踏上寻找六道遗迹的旅程，写轮眼在古老的碑文间穿梭。在雨隐村的废墟深处，他发现了刻满轮回眼符文的石碑，碑文记载着远古时期织网者与创世神明的战争。“原来织网者不过是更庞大存在的棋子。”他的草薙剑划破石碑表面的暗物质封印，须佐能乎的虚影在身后熊熊燃烧，青蓝色光芒却难以驱散石碑深处的黑暗。
凛在初代火影的密室中，将维度之匙与命运织机残件进行超负荷共鸣。符文表面浮现出六道仙人最后的记忆：在宇宙诞生之初，存在着维持因果平衡的“创世织机”，而织网者妄图用“终焉齿轮”取而代之，将所有可能性编织成永恒的囚笼。当她将这一发现传递给众人时，整个忍界的查克拉枢纽同时发出悲鸣，天空中浮现出无数由因果线组成的锁链，朝着宇宙边界延伸。
在宇宙边界，新的威胁实体逐渐成型。那是一座由无数因果线编织而成的巨型方舟，船身布满轮回眼状的能量核心，每一次脉动都伴随着某个平行宇宙的湮灭。方舟顶端，