了一份以粤军驱逐桂系军阀的作战计划。
但是此时，蒋介石与陈炯明的矛盾已不可调和。1920年11月，孙中山写了一封情真意切而又严肃的信给蒋介石，劝他留下来并努力与陈炯明搞好关系。
孙中山不顾年龄长幼的传统习惯，称蒋介石为“我亲爱的介石兄”。信中写道：
执信忽然殂折，使我如失左右手。计吾党中知兵事而能肝胆照人者，今已不可多得，唯兄之勇敢诚笃，堪与执信比，而知兵则尤过之。兄性刚而嫉欲过甚，故常龃龉难合，然为党负重大之责任，则勉强牺牲所见而降格以求，所以为党、非为个人也。
起初，蒋介石还能听进孙中山的劝告，但他对陈炯明的不满还是有增无减。陈炯明未采纳蒋介石的意见，结果没有全部消灭桂系军阀。蒋介石愤怒之下，拂袖而去，前往上海。
他打电话给孙中山，解释他离职的原因，但此时孙中山已无心思听蒋的抱怨了。在他看来，陈炯明已实现了他的目的，即将桂系军阀赶出广东，桂系军阀尚有残余留存，但却无妨大局，孙中山决定返回广州，重建军政府。孙中山要求蒋回广州，履行自己的职责。蒋一气之下，回到老家溪口探家去了。
即使蒋长期不在职，孙中山仍十分信任他。1920年11月底，蒋终于返回广州，发现给他的职位是重建的军政府内政部部长，而这并不合他的胃口。
另一方面陈炯明已开始建立自己的势力，他的职务头衔甚至超过了孙中山：陆军部长、广东都督、粤军总司令、两广最高检察长。
1921年1月12日，在广州召开国会议员大会，进行投票选举。尽管代表不足法定人数，孙中山作为“革命之父”已数次成为正义力量的领袖。这一次，孙中山希望通过法律程序成为当然的领袖。4月，国会议员选举孙中山为全国非常大总统。5月5日，孙正式宣誓就职。
尽管许多传记渲染孙中山和蒋介石的亲密关系，但有一点很明显，孙中山从来就未认真考虑蒋介石的建议，也未将他当做自己的知心朋友。蒋介石再三劝告孙中山不要搞这个选举，因为这种选举未达法定人数，缺少法律效力；而且一旦南方联合瓦解，不再效忠政府，这种选举便毫无意义。蒋介石争论说，任何不同意见都应