陈司令请示沂蒙军区如何处置，沂蒙军区产生激烈的争论，有人主张杀一敬百，有人认为不可草率，毕竟是未遂，担心对以后收缩地方武装产生影响。最后上报到军部、延安总部。朱信斋这事有些特殊，他投靠的是国党，不是日本人。现在是国共合作期间，很难以叛乱罪论处，虽然他信中有处置军中共产党之意，但未遂。延安总部来电给出指导意见，交由沂蒙军区军事法庭审判。军事法庭经过激烈的辩论，判处朱信斋及其同伙3一8年有期徒刑。
山东沈鸿烈抗议沂蒙军区破坏抗日统一战线。沂蒙军区表示审判朱信斋有罪，并不是因为他要脱离我军加入国军，而是因为朱信斋意图谋杀军中共产党，犯了谋杀罪。并拿出朱信斋的亲笔密信，指出朱信斋要断然处置军中共产党是这一段，堵住了沈鸿烈的嘴，沈鸿烈只能怪朱信斋行事不密，加上沂蒙军区实力雄厚沈鸿烈也无可奈何。至此这一事件慢慢落下帷幕。
滨海军区对原朱信斋部进行了全面接管改造。最后撤销其独立营编制，人员经甄别改造后分散并入其它部队之中。
山东军政委员会还就此事专门发文到各根据地，要求各根据地要以此事为戒，加强对此类独立地方武装的管理，降低其独立性。要求各根据地增派政工人员到此类独立地方武装，对部队进行思想改造，同时派出正规部队与其进行混编，消除此类隐患。