独立团驻守云岭，新五团驻守凤凰山，五团、六团（新组建）驻守繁城、南陵周边。
叶首长回到皖南后，首先与谭司令一起检查了部队的训练与布防，检查的结果比较满意。他又向谭司令详细询问了这段时间发生摩擦具体原因，与谁发生了摩擦。了解事情的来龙去脉后，他向谭司令传达军部决定：慢慢把工厂设备，技术人才向江北转移，股份民用工厂部分也要慢慢找人脱手。
而后叶启程去了上饶，与第三战区司令部交涉。经过一段时间与战区谈判、讨价还价，结果出来了，有好有坏。新四军的军费领了回来，还算接最初新四军编制发放，虽然不多，但是对于这点，他非常坚持，不管军费多少，物资多少，是新四军作为国家合法军队地位的证明。同时他也被迫同意向周边各县市交纳一笔额外税收，换取对方撤除卡点，保证商路通畅。另外新四军每月还要按出厂价给出一定份额飞马牌香烟分配给第三战区。就因为处理这些事，来来回回，前前后后浪费了他半个多月的时间，也真是无可奈何了。办完这些事后，他又要从上饶赶回到皖南落实。这时皖南局势已经非常紧张，内线传来情报，鬼子即将进犯繁昌。
1939年5月下旬，日军第三次进犯繁昌，日军调来驻安庆的松木联队一部约900余人，以600余人增援荻港，300余人增援伏龙山、峨桥据点。
5月20日，驻荻港日军700多人，分两路向繁昌进犯。一路攻乌金岭、马厂一线，一路直奔孙村。
新四军第三支队采用机动防御方式打击日军。 从20日至23日，新四军第三支队分别在荻港东北马鞍山之间、黄毛岭、铁矿山与乌金岭之间、枯竹岭、孙村以东观音庵、余沟，以及乌金岭、铁矿山、横桥山一带，多次打击日军。 23日，日军占领新屋基，新四军集结主力部署于周围，准备反攻。拂晓，日军撤退。
此次战斗，新四军毙伤日伪军300多人，自身伤亡100余人。
战斗完成后，首长放下心来。皖南的事也都落实了下来。等他回到了茅山。时间已经是6月了，回想到在第三战区以及皖南周边政府碰到形形色色的人和事，他心中也是无奈。他将此次交涉的情况及皖南形势通报了军部。军部就更加确定了皖南慢慢疏散的决心