东出现权力过度集中的情况，督师、总督和巡抚的职责多有交叉，形成了一种相互牵制的关系。
但这样的设置也带来了合作上的种种问题，内部的倾轧让局面变得复杂不堪。
孙承宗初到辽东时，他举荐了阎鸣泰担任辽东巡抚。
一开始两人关系尚佳，可在共同工作后不可避免地产生了一些小摩擦。
其实这种摩擦在所难免，不过阎鸣泰为人行事较真，他的应对方式并非寻求与孙承宗沟通化解矛盾，而是直接采取极端手段向朝廷递交辞呈。
他可能想通过这一招给孙承宗一点压力，但他显然低估了孙承宗的决心。
孙承宗一眼看穿其意图：好啊，你会写折子辞职施压？谁不会？随后孙承宗同样提交了一份辞呈，声明二人必须留一去一，这直接将一道单选题抛给了朝廷。
最终天启选择了信任孙承宗，安排阎鸣泰离职归隐。
接着担任辽东巡抚的是张凤翼。
未曾想到张凤翼性格偏于怯懦，面对无固定驻地办公的情况，当孙承宗提议前往宁远就职时，他却心生畏惧却又不敢明言自己胆怯，转而反对孙承宗的策略，并坚持主张全军退回山海关防线。
因为退回山海关曾由前任督师王在晋提出并有一定基础支持，故此张凤翼此番旧论再提后很快获得了不少人响应。
而在张凤翼阵营对面的，则仅有山海关总兵马世龙、副总兵茅元仪、宁远兵备袁崇焕、中军旗鼓官王则古、赞画鹿善继等少量人士鼎力相撑。
在此境地下，为避免更坏结果的发生，孙承宗无奈只能做出决定，指派袁崇焕驻守宁远以防万一，同时留任祖大寿、满桂以作辅助，其余部众则退回山海关。
这样，袁崇焕这才得以受命来到宁远任职。
其间徐敷奏作为幕僚随行，恰在此阶段因袁崇焕推荐而升任卫指挥佥事一职。
正当孙承宗殚精竭虑与辽东巡抚博弈时，他还尚未彻底摆平张凤翼间的纠葛，他又与辽东总督王象乾发生意见冲突。
早前孙承宗为对付建奴联合北方蒙古各部落，可蒙古谢虎部抵达后，竟至前屯实施抢掠行动。
当时参将赵率教丝毫不容这些行为，立即将参与掠夺之