量：“那黄须儿（司马绍母族为鲜卑，生有黄须）不好对付，得找机会废了他。” 离开时，追兵发现不对劲，他故意把七宝鞭扔给路边卖饭的老妇人：“后面有人追我，把这个给他们看。” 追兵拿到鞭子，爱不释手，耽误了时间，再看马粪都冷了，以为他早跑远了 —— 殊不知，他早用冷水泼过马粪，来了招 “时间差”。
太宁二年（324 年），王敦病重，命兄长王含带五万大军进犯建康。司马绍亲自坐镇中堂，派温峤烧了朱雀桥，挫了敌军锋芒。又招募死士，派段秀夜袭敌营。决战当天，他登上城楼，看见刘遐、苏峻的援军抵达，竟不顾大臣阻拦，连夜接见，亲手给将士们分发赏赐：“各位辛苦了，等打退叛军，朕亲自给你们庆功！” 士兵们深受感动，在越城之战中以一当十，斩了王含的前锋将何康。
平定王敦后，司马绍没搞大规模清算，反而下诏：“王敦的亲戚随从，一概不追究。” 有人觉得太宽纵，他却说：“杀太多人，人心就散了。” 但在治国上，他却雷厉风行：恢复三族刑，但只针对谋反大罪；把荆州、湘州分成四个州，削弱上游兵权；设立周易、仪礼、公羊博士，在战火中复兴儒学。
他深知百姓疾苦，太宁三年（325 年）江南大旱，他亲自到祭坛祈雨，下令：“除了军事需要，所有开支减半。官员们别想着穿新衣服，老百姓还在饿肚子呢！” 对待北方胡寇，他重用陶侃、祖约，虽然没能收复失地，却让石勒不敢轻易南下。
最绝的是他的识人之明。郗鉴有谋略，让他镇守广陵；卞壸刚正不阿，提拔为尚书令；温峤机灵，留在身边做顾问。临终前托孤，他故意把庾亮、王导等不同派系的大臣凑在一起：“你们互相盯着点，别让权力集中在一人手里。”
太宁三年（325 年），司马绍突然病倒，才二十七岁。临终前，他看着窗外的梧桐，想起父亲元帝南渡时的艰辛，想起王敦之乱的血雨腥风，想起祖逖北伐时的壮志未酬，不禁唏嘘。他拉着庾亮的手说：“爱卿，朕走之后，幼主就交给你了。记住，别太刚硬，也别太软，学朕爹的隐忍，也学朕的果决。”
他留下遗诏，要求丧事从简：“别搞那些虚头巴脑的，朕穿平时的衣服下葬就行。” 但他不知道，自己的陵寝武平