，将刘毅的军队打得大败，一直打到江宁。刘毅扔掉船只，只带着几百名下属步行逃走，剩下的士兵全部被卢循俘虏。他们丢弃的军事物资堆成小山。当初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经北伐回师，还有些不相信。击败刘毅的军队后，才从俘虏的口中得到证实，他和他的党羽们互相对看着面色大变。卢循打算退回到寻阳，攻克江陵，占据这两个州来和朝廷对抗。徐道覆很有胆略和决断力，打算与敌军拼死一战，于是对卢循说应该乘胜直接进攻，并且坚持自己的观点。卢循犹豫好几天，才依从他的建议。
五月十四日，卢循大军抵达秦淮河口，东晋朝廷都城内外戒严。徐道覆请求从新亭进军白石，然后烧掉战船登陆，分几路进攻刘裕。卢循多智谋而少决断，打算以尽可能保险为目的，便对徐道覆说：“我们的大军还没有到，只听见一些风声孟昶便被吓得自杀，根据大趋势来说。敌人自会在几天内崩溃散乱。现在，决定胜负也就是一个早上的事，一味凭侥幸在战场投机取利，既不是一定能战胜敌人的办法，还可能损伤我的士卒，我看不如按兵不动，等他们上来。”徐道覆因为卢循疑心太重而缺决断，于是叹息道：“我终将被卢公耽误，事情一定不会成功。如果我能有幸为一位英雄卖命奔波的话，天下早就平定。”
刘裕害怕卢循发动突然袭击，所以采用虞丘进的建议，砍伐树木在石头城和秦淮河口等地全部立起栅栏。卢循把伏兵布置在秦淮口南岸，命令一些老弱将士坐船向白石进发，并声称全部大军准备从白石登岸作战。刘裕留下参军沈林子、徐赤特戍守南岸，切断通往查浦（一作祖浦）的交通，命令他们坚守阵地，不要轻举妄动。刘裕和刘毅、诸葛长民等向北出兵迎击卢循军。
五月二十九日，卢循火烧查浦，进兵到张侯桥，以伏兵大败徐赤特，徐赤特乘船逃往秦淮河北岸。沈林子、刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石亦率援军赶来相救，卢循军才撤退。卢循带着一支精锐部队急进，到达丹阳郡。卢循不久因攻打栅栏失利，战舰遭暴风吹翻，死者众多。在南岸列阵交战，再次大败。
六月，卢循进攻京口，掠夺各县，但什么都没有抢到，对徐道覆说：“军队出来时间太长，已经疲惫不堪，我看不如回到寻阳，合力攻取荆州，这样我们占据三分之二的