开始发脾气闹情绪，甚至有一些将领成群结队的去找左良玉，建议他先撤兵保存实力，日后再战。左良玉虽然也不想再守了，可他还是不甘心，他已经放弃武昌了，再放弃九江，他实在不愿意。于是他决定明日再守一日，若李自成还是如此攻城，那他便准备撤出九江。正如他所预料的那样，第三日一早，闯军又开始攻城了。而且今天攻城的人数和强度比前两天要大的多，因为李自成将自己的精锐派上去了。又经过一天的苦战，整个九江城已经岌岌可危了，甚至白天交战之时，有三次闯军已经冲上了城墙。是左良玉带着自己的亲兵将闯军硬顶回去的。随着夜幕降临，左良玉在城楼上巡视，他发现江面上有些明军士兵趁着夜色便偷偷的驾船跑了，但他没有办法，因为他自己也要走了，如果再不走，可能就要交代在这里了。随即他便找来了左梦庚道：“你去准备船只，今夜我们便弃城东撤，前往南京。”左梦庚点了点头便去准备了。
时间刚过子时，左良玉便带着儿子左梦庚登上了战船，随后带着还有战斗力的四万大军登上了战船，而城里的一万多老弱和伤兵，就让他们自生自灭了。随着船队的远去，城里的明军早已心如死灰。次日一早，明军将领便带着九江城的一万多老弱和伤兵打开城门，投降了李自成。