研究晶码机数据时，发现了一丝异常能量波动，这股波动似乎来自于地心深处。他赶忙召集其他伙伴。众人商议后决定前往地心探查。
到达地心后，他们发现这里竟然存在着一个古老的封印，封印之下隐约透出黑暗气息。正当他们疑惑时，一个古老的声音响起：“年轻的战士们，这是万年前被封印于此的混沌魔兽，如今封印松动，若它出世，地球将面临灭顶之灾。”
晶码战士们相视一眼，坚定地点头。他们围绕着封印，各自施展晶码机的力量加固封印。然而，混沌魔兽察觉到有人阻碍它出世，开始猛烈冲击封印。晶码战士们咬紧牙关，拼尽全力维持封印。就在封印快要撑不住的时候，地球上的人们感应到危机，纷纷将自己的希望之力传递过来。晶码战士们借助这股力量，成功加固了封印，再次守护了地球和平。
时光流转，晶码战士们继续守护着地球的和平。一日，亚奇在海边巡逻时，发现海平面上涌起一股神秘的黑色旋涡。他紧急呼叫同伴前来。众人赶到后，龙炎皱眉道：“这看起来像是某种新的黑暗力量入口。”
不等他们细究，旋涡中射出几道黑影，竟是长着鱼鳍的类人生物，手持三叉戟形状的武器。美柯惊呼：“又是新敌人！”这些生物二话不说就发动攻击，晶码战士们匆忙应战。
吉修一边躲避攻击一边分析：“它们好像受海水影响，力量有所增幅。”亚奇想到对策，让玄龟兽吸水再喷射出去，制造局部陆地环境以削弱敌人。
众人按照计划行事，果然敌人攻势减弱。晶码战士们抓住机会反击，亚奇带领比亚勇士神兽冲锋在前，其他战士配合默契。在一阵激战之后，他们成功击退了这些海中怪敌，又一次化解了地球的危机，而后带着坚毅的神情继续守望这片土地。
过了一段时间，城市中出现了一系列离奇事件。夜晚的街道上，灯光会莫名闪烁，电器也时常失控。亚奇敏锐地察觉到这可能又是黑暗力量作祟。警马战士们开始在城市各处排查。
在一个废弃仓库中，他们发现了一个散发着幽黑光芒的装置。正当他们接近时，装置突然启动，释放出强烈的电流。龙炎急忙召唤火焰狮兽抵挡，火焰与电流交织。亚奇发现装置上有一个类似晶码锁的结构，他推测关闭这个装置