云内部，四周弥漫着黑色的雾气，视线受阻。突然，无数道激光射来，他们急忙躲避。
这时，一只巨大的暗影巨兽从雾中浮现，它体型如山，双眼透着邪恶的光。超兽战士们毫无惧色，立刻分散开来展开进攻。火麟飞试图用火云诀攻击巨兽眼睛，龙戬和天羽则从侧面干扰。
然而巨兽皮糙肉厚，普通攻击难以奏效。正当他们思考对策时，那只巨兽张开大口吐出一团黑暗能量球。千钧一发之际，玄易子留下的护符发光，抵挡住了攻击。
火麟飞灵机一动，他想到可以借助大家的异能量注入护符，再由他发射出去。众人齐心合力，护符吸收足够能量后，火麟飞将其掷向巨兽。一声巨响过后，巨兽被炸得粉碎。
随后，他们继续深入，终于找到了引发危机的根源——一颗破裂且不断释放黑暗力量的晶核。超兽战士们联手封印晶核，平行宇宙开始慢慢恢复生机。
超兽战士们刚松了口气，突然地面剧烈震动起来。只见一道道裂痕蔓延开来，从地下缓缓升起一座座巨大的黑暗高塔。每个高塔顶端都镶嵌着一颗散发着邪恶魔力的宝石，它们相互连接，形成一个庞大的黑暗阵法。
那来自平行宇宙的生物惊恐地喊道：“不好，这是古老的毁灭阵法，一旦启动，这个宇宙还是会被摧毁！”火麟飞冷静地说道：“别怕，我们既然能封印晶核，就能破坏这阵法。”
他们尝试攻击高塔，可是却被一层护盾弹回。天羽发现这些高塔能量来源是互相传递的，只要打断其中一个节点就有机会。于是，火麟飞集中全部异能量冲向一个关键节点。在龙戬和天羽的掩护下，他成功撞击上去。随着一阵强烈的光芒闪耀，高塔阵开始崩坏。黑暗力量四处乱窜，超兽战士们全力抵挡。最后，随着最后一道黑暗力量消散，平行宇宙彻底恢复正常。超兽战士们成为了两个宇宙的英雄，而后带着满满的荣耀回归自己的宇宙，继续守护着那片来之不易的和平。
平静的日子没过多久，火麟飞突然察觉到宇宙中一些细微的能量异动。他召集超兽战士们商议此事，众人猜测可能是上次跨宇宙的行动带来了某些意想不到的影响。他们决定分头探寻线索。火麟飞在巡查途中，发现了一些奇怪的空间扭曲现象，并且这些扭曲之处隐隐散发着黑