安西都护府有木剌夷国这个不稳定因素，新成立的瀚海都护府同样也存在着不稳定因素。
后世的新疆面积实在太大了，朝廷初设一个北庭都护府，南北差异极大。以焉耆为分界，北面是信仰佛教的回鹘人，以及诸多还愿意保留佛教信仰的葛罗禄人、样磨人、突厥人等，以及高昌、伊吾为中心的汉人。
南面则是以喀什噶尔城为中心，沿着沙漠绿洲的一连串小城都已经绿教化，其人群多为突厥化的回鹘人、葛罗禄人等。
为了阻止西域进一步绿化，王伦将史文恭摁在了中原扶持起来的佛教于阗国，在西面则以安西都护府为隔断，将此前的东西喀拉汗国的领土包围了起来。
安西都护府在河中地区推行宗教信仰自由，随着草原诸部的不断迁入，碎叶城的主流信仰就变为道教，八剌沙衮城则在重返西域的汉军势力影响下，原本就不怎么坚定的绿教信仰也出现了佛教徒甚至摩尼教徒。
可以说现如今的东喀拉汗国的绿教被压制得很惨，只是这种压制是从宗教层面的对抗，是朝廷有意鼓励的其余渐渐衰微的宗教的再度复兴。
东喀拉汗国的可汗伊卜拉欣二世并没有他父亲那般强硬而且灵活的政治手腕，在他上台之前，东喀拉汗国内部就已经分化严重，北方以八剌沙衮为中心的游牧势力，与南方以喀什噶尔为中心的农耕商贸势力，由于生活方式不同，导致对宗教信仰的狂热程度完全不同。
汉军没有重返西域之前，喀什噶尔就成了西域东部的绿教大本营，且由于于阗国被灭亡，绿教便不断向龟兹、焉耆等方向传播和蔓延。
汉军重返、于阗复国，便强行打断了东喀拉汗国对高昌回鹘的宗教侵蚀，刚复国的于阗力量很薄弱，史文恭靠着传播淘金、淘玉的“谣言”，这些年陆续骗来了数万内地百姓，并引导了大约一万多百姓就此定居。
后来朝廷组织了内陆一批僧侣，打着宗教交流的名义派到了西域，于是于阗国的佛教，就变为了汉传佛教为主流，连带着也影响到了北庭都护府。
汉传佛教向西影响西域，王伦与礼部官员讨论后，有意挑选的都是禅宗僧人，其中起源自河北行省的禅宗临济宗僧侣最多，也就是朝廷默认了对临济宗的支持。
临