人的本体，吉克和莱纳一同被友方的巨人救走，临走前吉克特地与艾伦见面并告诉艾伦“我们都被你爸爸洗脑了”。虽然成功夺回了玛利亚之墙，但经此一役，调查兵团仅九人生还。
艾伦和兵团终于得以进入格里沙留下的地下室，得知了记载在里面的格里沙的过去和世界的真相。回归的艾伦，三笠和阿尔敏因违反军纪而被关了禁闭。禁闭期间艾伦唤醒了更多父亲的记忆，得知了诸多更加残酷的过去。并在授勋仪式上和希斯特利亚的接触时看到了未来的部分记忆，知晓了自己在未来开启了“天与地之战”发动地鸣屠杀了世上八成的生命，最终会被同伴们所阻止。
又一年后，墙内墙外的巨人终于被消灭殆尽。艾伦等人得以来到梦寐以求的海边，然而他们已经得知，战斗远未结束，海的对面尽是敌人，艾伦疑惑如果将敌人全部杀光是否就能得到自由。
在艾伦等人抵达海边后不久，马莱向帕拉迪岛派出了第一支调查舰队，被艾伦，阿尔敏两体巨人轻易击败。马莱海军中的以一名女军人叶莲娜为首的部分战士突然叛变，事实上他们听命于吉克·耶格尔，是吉克为执行他的解放艾尔迪亚人的计划而派来岛上的联络人。
叶莲娜等人向岛内领导层提出吉克的合作意向时，艾伦确认，并向领导坦白了过去隐瞒的部分讯息：没有王族血统的他若能与王族血统的持有者变成的巨人发生接触，就能运用体内始祖巨人的力量，唤醒三道城墙墙体内部沉眠的大量超大型巨人作为武力，是为“地鸣”，有足以踏平世界的威力。这是科技落后世界数十至上百年的帕拉迪岛面对世界敌意的王牌。
然而，艾伦先前因不希望希斯特莉亚被迫成为巨人而隐瞒了这一消息。叶莲娜及其率领的“义勇军”为帕拉迪岛带来了外界先进技术，还协助帕拉迪岛建立起了火车，港口等与外界交流所需的现代化设施。港口建成后接待的第一位外宾则是来自过去与艾尔迪亚帝国世代交好的，东洋日出国的东人清美（又音译奇优宓·亚兹玛比特）女士。清美提出可以帮助帕拉迪岛面对外部世界，而所求的也是帕拉迪岛上的冰爆石资源的开发资格，同时也在寻找着过去日出国将军血脉在岛上的传承者——三笠。
再三年之后，艾伦同调查兵团众人一道，在叶莲娜等人掩