不过这还不是最致命的，致命的是一场亚空间风暴来了，它让人类联邦原本司空见惯的亚空间航行，不再安全，就算拥有导航者的船只，也无法在亚空间中进行安全的航行了，亚空间风暴的一切在导航者眼中变的无序了起来，他们无法预测以及规避风险。
这让人类的“黄金时代”很快的结束了，人类联邦逐渐失去了对系外殖民地的控制，银河系中无数的人类殖民地都被孤立了，没有了人类联邦的救援，他们只能采取自救。
一个个独立的政权被建立，一个个星球在各种统治之下度过了黑暗的时代，有些星球甚至退化到了石器时代，那些曾经被人类联邦打在谈判桌上的外星人们，也开始趁着人类的这一崩溃时期，开始对人类这个物种蹭火打劫。
无数的人类死在了异形的屠刀之下，更有甚者会被异形所奴役，作为他们的食物或者是奴隶，原本强大的人类联邦在这一时期分崩离析。
重要的是，亚空间的三个强大的目光，也注意到了人类这个物种，人类群体中开始出现大量的灵能者，这些突然出现的灵能者，无疑是给亚空间中的生物入侵现实宇宙，创造了一个绝佳的门户。
一些对于灵能者管理不是那么重视的世界之上，很快就被亚空间出现的恶魔所吞噬，异形，恶魔，甚至残余的铁人，肆虐在各个人类世界之上。
就连人类的母星“泰拉”，也变成了一个以科技野蛮人，以及各种部族，帝国，所争抢的破败星球。
直到一个自称为帝皇的男人，出现在了泰拉的土地之上，他带领着雷霆战士们征服了整个泰拉，建立了“人类帝国”，不过司空见惯的是这些雷霆战士，在征服泰拉的任务结束之后，开始计划起来对帝皇的叛乱。
不过帝皇显然意识到了这一点，他以最新的基因改造战士，阿斯塔特，将意图叛乱的雷霆战士全部清理掉了。
帝皇带领的人类帝国，很快就进入了宇宙之中，接下来，在收复了太阳系的各个星球之后，宏伟的大远征开始了。
帝皇将带领人类再次伟大起来，大远征中，一个个原本属于人类的星球被收复，一个个基因原体被找回，他们或是自愿又或是不情愿的加入了帝皇的大远征。
大远征是非常成功的（如